El programa de Doctorado en Ciencias Sociales es un programa interdisciplinario que está organizado en cuatro lineas generales de aplicación del conocimiento: Estudios sobre comunicación, cultura y subjetividades, Estudios socioeconómicos y bienestar social, Estudios sobre historia y política, Estudios sobre el desarrollo sustentable y mercados laborales. 

El programa de Doctorado en Ciencias Sociales de la Universidad de Guadalajara cuenta con 27 años de experiencia en la formación de investigadores de alto nivel en el ámbito de las ciencias sociales; desde su creación ha graduado hasta la fecha 176 personas, con una eficiencia terminal del 90%. El 98% de sus estudiantes ha sido becarios CONACYT. La mayor parte de los egresados se encuentran realizado actividades de investigación de acuerdo a nuestro seguimiento de egresados y son miembros del Sistema Nacional de Investigadores en los niveles I, II y III. Incluso algunos de nuestros egresados extranjeros que regresaron a sus países han recibido el reconocimiento del SNI.  A su vez, algunos de nuestros egresados han recibido premios nacionales, por ejemplo recientemente el premio a mejor tesis doctoral en ciencias sociales 2018 por parte de la Academia Mexicana de Ciencias.

El compromiso de nuestro programa doctoral con la mejora continua y la calidad de posgrado ha permitido a que haya sido evaluado en 3 ocasiones por parte del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología con la categoría más alta con el nivel de competencia internacional; su última evaluación fue en 2016. Todo el Nucleo Académico Básico pertence al SNI y el 68% se ubica en los niveles II, III y Emérito, lo que refleja su alta producción académica y participación en investigaciones y eventos nacionales e internacionales.